Habiendo ya explicado los modos de juego locales del R6 vamos arrancar a ver lo que es el fuerte de este juego, y eso son los distintas clases de partidas multijugador online. Como ya mencionamos la modalidad online consiste en partidas de equipos de 5 atacantes contra 5 defensores. Aquí podremos jugar solos y se nos asignarán 4 compañeros de equipo aleatoriamente, o podemos ingresar con 1 o más amigos, para lo cual se nos asignará la cantidad de compañeros necesarios para completar los 5 integrantes del equipo.

Existen diferentes clases de partidas multijugador:

JUGADOR NUEVO

También llamadas "Recién Llegados" estas partidas multijugador están pensadas para usuarios que recién se inician, con nivel inferior a 50. Sirven para ayudarles a que aprendan los aspectos básicos de Rainbow Six Siege. Jugarán en el modo Bombas de los mapas clásicos más representativos del juego, como son Chalet, Banco y Consulado. Los atacantes votarán el punto de aparición del equipo, y en cuanto a los defensores, el juego preseleccionará los nidos de bombas de forma automática. Saldrá victorioso el primer equipo que consiga ganar 3 rondas, intercalandose una ronda de ataque y una defensa respectivamente. Cada ronda dura 3 1/2 minutos.

Al acotarse los modos de juego y la cantidad de mapas, a los nuevos jugadores les será mucho mas sencillo habituarse a las mecánicas especificas de este juego, que pueden ser un poco abrumadoras en un principio. También les permitirá conocer los 3 mapas incluidos en este modo de manera más rápida, siendo esto otro aspecto importante para desempeñarse bien en el R6. También es importante que solo nos enfrentaremos con jugadores de nivel inferior a 50, lo que significa que ninguno será demasiado avanzado, lo que no dará muchas mas posibilidades de hacer un papel digno. Aconsejamos fervientemente jugar éste modo todas las partidas que sean posibles, ya cuando avancen a nivel 50 deberán cambiar a otro modo obligatoriamente.

CASUAL

En las partidas casuales el emparejamiento se realiza de manera aleatoria, o sea que jugaremos contra cualquier jugador independientemente de su nivel.  Al igual que las partidas "Jugador Nuevo" ganará el equipo que primero logre 3 victorias, pero aquí podremos jugar en 14 mapas diferentes (de los 22 totales que posee actualmente el R6). Cuando comience cada temporada nueva, 4 de esto 14 mapas se rotarán por otros 4 no incluidos en la lista.

El modo casual incluye 3 tipos de partidas diferentes:

• Rehén: Los atacantes deberán localizar y realizar una extracción con el fin de poner a salvo la vida del secuestrado. Por otra parte, los defensores, deberán hacer todo lo que esté en su mano por impedirlo.
• Bombas:Los atacantes deberán localizar las bombas (son 2) y desactivar una de ellas colocando un sistema especializado en la desarme de artefactos explosivos (SEDAX) el cual debe de ser protegido hasta que se complete la desactivación. Por otro lado, los defensores, deberán evitar que el equipo atacante plante el SEDAX o localizarlo y destruirlo en caso de que ya haya sido colocado.
• Asegurar la zona: Los atacantes deberán localizar un contenedor de riesgo biológico y asegurar el material haciendo una incursión en la zona durante 10 segundos seguidos. Los defensores deberán evitarlo. Hay que tener en cuenta que si uno o varios defensores y un atacantes se encuentran en la misma sala donde está el contenedor de riesgo biológico, el objetivo estará cuestionado teniendo que neutralizar la amenaza

Este es el modo de juego más recomendable para aprender a moverte por los distintos mapas, para saber entrar y salir por diversos puntos y atajos, para sorprender al enemigo, y sobre todo, para ganar monedas con las cuales obtendrás agentes y otros objetos como accesorios y camuflajes para armas o distintas apariencias para los personajes.

IGUALADO

En las partidas igualadas vencerá el equipo que primero gane 4 rondas y saque 2 rondas de ventaja al equipo enemigo. En caso de empate, la partida se decidirá al mejor de 9 rondas. Las rondas son de 3 minutos y existe un sistema de baneo en el cual cada equipo podrá elegir un agente de ataque y uno de defensa para que nadie pueda utilizarlo durante la partida. Este modo de juego empareja a los jugadores con adversarios del mismo rango. Los rangos se van subiendo o bajando de acuerdo a las partidas ganadas y nuestra performance en las mismas. En primera instancia se juegan 10 partidas y en función de las victorias y derrotas al jugador se le asigna un rango. Subir de rango es complicado y requiere ganar muchas partidas igualadas.

El modo igualado también incluye 14 mapas y 3 tipos diferentes de partidas. El lugar de aparición, ya sea para atacar como para defender, se elije por votación. La obtención de puntos de reconocimiento es mayor en Igualadas que en Casual. Aunque también son más rondas las que se llevan a cabo.

La seriedad de los jugadores es mayor en este modo, ya que son partidas más estratégicas, donde se adquiere un modo de juego más táctico y elaborado dado que según ganes o pierdas pones en riesgo tu ratio; viéndose aumentando si ganas, disminuyendo si pierdes, así como tu rango, que consiste en una condecoración a base de medallas de distinto tipo Bronce, Plata, Oro, Platino, Diamante y Campeones, para hacerse una idea de la habilidad de cada jugador.

NO IGUALADO

Todas las reglas son las mismas a una partida igualada, pero las no igualadas están abiertas para cualquier nivel y no afectarán tu rango ya sea que ganes o pierdas.